Una misteriosa supplente di matematica alla Roswell High, la sig.na Topolsky, si informa molto sulla vita di Michael, e lo Sceriffo Valenti è tormentato dall'FBI. Nel frattempo, Michael cerca di entrare nell'ufficio di Valenti per rubare le prove riguardanti la vittima dell'omicidio del 1959 che aveva sul corpo la stessa impronta che era apparsa sul corpo di Liz dopo che Max le aveva salvato la vita. Prima che l'FBI arrivi a sequestrare gli schedari di Valenti, Michael riesce a recuperare una chiave, che lo stesso Valenti aveva in precedenza nascosto, e insieme a Max si chiede a cosa serva: toccando la chiave, Michael ha la visione di uno strano edificio... Nel frattempo Liz è sempre più lontana da Kyle e si avvicina a Max...

Isabel è preoccupata per le reazioni nervose di Maria allo Sceriffo Valenti quando la interroga per scoprire qualcosa su Max, così entra in uno dei sogni di Maria per capire se la ragazza può mantenere il segreto sul fatto che loro siano alieni. Nel frattempo, la "consulente scolastica" Topolsky tiene con gli studenti degli incontri di guida al lavoro che svolgeranno da adulti; Max incontra Milton Ross, un uomo ossessionato nella ricerca degli alieni, e inizia a lavorare così presso l'UFO Center di Roswell...

Claudia, la nonna di Liz, arriva a Roswell per una vacanza, ma viene colta da ictus e viene portata subito in ospedale. Liz cerca Max per un po' di conforto, ma quando Max arriva Kyle gli dice di stare lontano dalla sua ragazza. Nel frattempo, Michael decide di vendicarsi degli amici della squadra di baseball di Kyle, che hanno picchiato a sangue Max (senza che Kyle lo sapesse); e Maria chiede aiuto ad Isabel per servire ai tavoli del Crashdown Cafe mentre Liz è in ospedale dalla nonna. Max, per consolare Liz, esaudisce il suo desiderio, e anche se per poco le fa parlare con sua nonna prima che la donna muoia... Dopo aver saputo che gli amici di Kyle hanno picchiato Max, e spronata dalle ultime parole di sua nonna, Liz lascia Kyle ed è più vicina a Max...

Liz scopre che il suo diario, su cui lei ha annotato tutto quello che sa sugli alieni, è stato rubato. Dopo aver sospettato con Maria di Alex, Kyle sembra essere il principale responsabile del furto, e allora Max e Liz entrano di notte in casa Valenti per indagare, ma non scoprono nulla. Alla fine è Michael a riconsegnare il diario a Liz: lo aveva preso lui, e adesso ha capito che possono fidarsi di lei. Intanto l'FBI comincia a muoversi: la sig.na Topolsky non è una consulente scolastica, ma un'agente FBI che coordina le indagini sui contatti con gli alieni... Michael riesce a distinguere finalmente l'oggetto della sua visione: è una cupola geodetica...

Il bisogno viscerale di Michael di trovare la cupola geodetica che perseguita i suoi sogni lo porta a "sequestrare" l'auto di Maria e la stessa ragazza per andare a Marathon, in Texas, dove ha visto che si trova la cupola grazie ad una foto nel libro sugli alieni che legge Max: la cupola che lui cerca è la casa di Atherton, un notissimo studioso di UFO scomparso misteriosamente. Un suo gesto improvviso, però, fa sì che Valenti e l'FBI partano alla sua ricerca... Nel frattempo, un curioso compito per casa, preparato dalla Topolsky e motivato dall'aumentato interesse del Governo nelle comunicazioni di contatti con gli alieni a Roswell, costringe Liz, Isabel e Max ad un'esperienza particolare: i tre partono in auto e raggiungono Michael e Maria, ma nella cupola, in cui i ragazzi trovano una botola nascosta che si apre con la chiave ritrovata da Michael nell'ufficio dello Sceriffo Valenti, i quattro sentono strani rumori ma non vedono che la sig.na Topolsky ha colpito lo Sceriffo all'interno della cupola...

Il gruppo torna a Roswell con una cartella di documenti presa dalla casa di Atherton, ma Max e Isabel subiscono un furto: la loro casa è stata messa a soqquadro e la cartella è stata rubata. Michael e Maria si baciano, Liz e Kyle hanno un litigio sui segreti che lei continua a nascondergli. Lo Sceriffo Valenti scopre che la Topolsky è dell'FBI e segue Max, Michael e Isabel. Isabel ha preso dalla cupola geodetica una misteriosa collana con un pendaglio che reca un simbolo che tutti riconoscono. Per scoprire cosa voglia dire il simbolo, Liz con Max si reca alla riserva indiana dei Mescalero, appena fuori città, dove un uomo anziano chiamato River Dog da' loro informazioni sull'alieno che è scomparso nel 1959, e che ha dato ad Atherton la collana con il pendaglio che reca il simbolo dell'albero della conoscenza: l'uomo ha anche tracciato degli strani disegni nella grotta, disegni che a Max sembrano familiari...

Un caldo intenso e fuori stagione diffonde i sentimenti: il rapporto tra Michael e Maria diventa più intenso, e Kyle trova una nuova ragazza, proprio quando l'infatuazione di Liz per Max aumenta, e i due si danno il loro appassionato primo bacio. Altrove, lo Sceriffo Valenti corteggia Amy, madre di Maria, che l'uomo aveva arrestato in passato per aver interferito con una demolizione strutturale. Isabel condivide con Alex un ballo speciale durante un concerto; Isabel entra in uno dei sogni di Alex, solo per trovare il suo aspetto già lì... In seguito Alex e Liz sono arrestati quando una festa degenera: mentre sono insieme dietro le sbarre, Liz capisce di non poterlo evitare e confessa ad Alex la verità su Max e gli altri...

Michael è arrabbiato quando scopre che Max non gli ha mai detto del suo viaggio alla Riserva Indiana Mescalero con Liz, dopo aver scoperto un'immagine dei disegni della caverna nel blocco di Max. Michael allora parte per la Riserva e va a trovare River Dog, ma dopo essersi unito ad un rituale nativo-americano dell'uomo Michael si ritrova in uno spaventoso stato allucinatorio. Nel frattempo, Max e Liz escono per il loro primo appuntamento, e Alex commette un errore di fronte a Milton. Preoccupati per lo stato di Michael, Liz, Maria, Isabel e Alex  decidono di cooperare per superare le loro diversità e salvare la vita di Michael.

Quando un incendio scoppia nella cucina della casa di Max, il giovane usa i suoi poteri per salvare sua madre, che è in pericolo. La donna si insospettisce e inizia a fare domande a Max sulle sue speciali capacità. Preoccupato che sua madre scopra la verità, Max chiede aiuto a Isabel e Michael, e le cose si complicano quando lo Sceriffo Valenti si ferma per chiedergli notizie sull'incendio. Nel frattempo, ancora addolorata dopo la rottura con Max, Liz si riavvicina a Kyle dopo il suo infortunio durante una partita di basket, e sembra che i due potranno alla fine essere soltanto amici, ma Max s'ingelosisce. Michael sceglie uno strano modo per ringraziare Maria per avergli salvato la vita, e Isabel pressa Max perchè riveli a sua madre il loro segreto.

Un lampo di luce nel cielo è testimoniato da molte persone nei boschi vicino alla riserva di River Dog, e i sospetti di un avvistamento di UFO sono sempre maggiori e aumentano proprio mentre la scuola Roswell High organizza un fine settimana di campeggio padri-figli da quelle parti. Liz non vorrebbe partecipare alla gita ma è costretta da suo padre che ne è entusiasta; il week-end però risulta più eccitante di quanto lei immaginasse quando lei e Maria vengono coinvolti nelle indagini sugli avvistamenti di Max e Isabel. River Dog compare di nuovo per aiutare Michael ad indagare sugli indizi degli ultimi avvistamenti. Nel frattempo, lo Sceriffo Valenti deve scegliere tra famiglia e lavoro quando diventa molto sospettoso di Max e degli altri mentre si trova al campeggio con suo figlio Kyle.

Liz diventa la ragazza più popolare in città vincendo un concorso alla radio (a cui è stata iscritta da Maria) il cui premio è un appuntamento al buio con un ragazzo scelto dalla stazione radio secondo i suoi criteri. L'uscita della coppia è seguita in diretta alla radio da un deejay che accompagna Liz e il ragazzo, che si chiama Doug Shellow. Nel frattempo, Max e Kyle si ritrovano insieme ubriachi a parlare del loro amore per Liz. In seguito, Liz e Max trascorrono un momento speciale insieme, ma il momento è presto dimenticato quando a Max passa la sbornia. La banda musicale di Alex, i Whits, è scelta per aprire il concerto del noto gruppo rock dei Foo Fighters che sta per arrivare a Roswell, e Maria viene scelta per rivestire il ruolo di cantante del gruppo, iniziando a fare subito dei cambiamenti... Michael chiede ad Isabel di aiutarlo a seguire una mappa e mandare un segnale al quarto alieno, Nasedo...

Dopo che la situazione familiare di Michael raggiunge un punto critico, il misterioso quarto alieno è rivelato. Un violento confronto ha luogo tra Michael e il suo patrigno Hank, e Max e Isabel cercano di includerlo nella loro famiglia. Tuttavia, i loro sforzi non hanno buon fine dato che Michael inizia a sentirsi sempre più isolato. Le cose cominciano a migliorare quando Philip Evans mostra a Michael come potrà portare la sua vita verso una nuova direzione, emancipandosi da Hank. Liz e Maria hanno un imbarazzante incontro con lo Sceriffo Valenti quando lo sorprendono a flirtare con Amy DeLuca, madre di Maria... Hank promette allo Sceriffo Valenti che andrà subito via da Roswell, ma in realtà si tratta di Nasedo, Hank è stato ucciso da lui...

Dopo essersi evitati per settimane, Liz e Max cedono finalmente ai loro sentimenti, e i loro baci li connettono telepaticamente tra loro. Durante un intenso bacio, Liz vede delle immagini di una stella che possono aiutare Max a risolvere il mistero del suo passato, mentre Max ha delle visioni del passato di Liz. Michael e Isabel capiscono che Liz può essere un collegamento al loro passato e cercano di convincere Max ad usare le sue visioni, ma Max si preoccupa per Liz e non vuole ferirla. Per capire cosa vogliono dire le visioni, Liz e Max viaggiano fuori città e trovano una misteriosa roccia risplendente sepolta nel terreno. Dopo aver trascorso la notte insieme, i due devono tornare a Roswell per affrontare i loro genitori... Anche Michael e Maria cedono ai loro sentimenti, e Isabel si dispera nella sua solitudine e riesce a farsi baciare da Alex...

Capendo che gli alieni sono in pericolo, l'agente dell'FBI Topolsky torna a Roswell per avvertire Liz che un cacciatore di alieni sotto copertura sta cercando Max e i suoi amici, e nulla lo fermerà prima che lui ci riesca. Tuttavia, Max e Liz temono che la donna sia un loro nemico e non le credono; la Topolsky è allora costretta a rivolgersi allo Sceriffo Valenti per chiedergli di proteggere i ragazzi. In seguito, la sig.na Topolsky avverte anche Michael del loro nemico, e dice a Michael e Maria che ha una sfera simile a quella in possesso da loro: Michael le crede, ma la Topolsky viene rapita prima che possa incontrarsi con Michael. Valenti rivela a Michael, Maria e Max che la Topolsky è fuggita da una clinica ed è completamente pazza... A scuola, Isabel fa amicizia con Tess Harding, una nuova e bella studentessa, con cui scopre di avere molto in comune. Tuttavia, Max e Michael sono molto sospettosi di Tess temendo che possa scoprire il loro segreto.

I ragazzi si convincono che Tess è in effetti il quarto alieno mutaforma, Nasedo, e temono che lei possa essere una seria minaccia per la loro sicurezza. Per questo motivo Max, Isabel e Michael si avvicinano tra loro. Nel frattempo, Isabel e Michael sono imbarazzati per i sogni che fanno, in cui si trovano insieme in una località con strani simboli, e per evitare lo sviluppo di eventuali sentimenti d'amore tra loro agiscono drasticamente: Isabel finalmente si fidanza con Alex, mentre Michael e Maria consolidano il loro rapporto. Tuttavia, nonostante i loro sforzi, i sogni proseguono. Ed Harding trova la  video camera nascosta da Liz in casa sua e la consegna a Valenti. Quest'ultimo poi dice a Max che la sua sicurezza dipende dalla sua volontà di condividere con lui le informazioni che conosce sull'alieno mutaforma. Stanco per Tess e i suoi strani comportamenti, Max la segue per confrontarla nel deserto, proprio nel luogo dei sogni di Isabel e Michael. Tutti sono sorpresi quando Tess rivela il segreto della sua identità e il luogo di nascita di tutti gli alieni.

A Roswell arriva un nuovo agente per aiutare lo Sceriffo Valenti, ma l'uomo si scopre essere l'agente Pierce dell'Unità Speciale dell'FBI per la caccia agli alieni. Dopo aver guardato nel libro di Tess, gli alieni si rendono conto che i loro destini possono già essere stati decisi per loro. Sembra che Isabel, Tess, Michael e Max possano essere stati progettati e non siano nati come loro credevano. In ricerca di maggiori risposte, Max va da Tess per una spiegazione; Tess gli rivela che Nasedo è suo padre Ed, e cerca di convincere Max che loro due sono destinati a stare insieme, così come Michael e Isabel, che nel frattempo pensa di essere incinta, e che Michael sia il padre del bambino. Intanto, Nasedo cambia la sua forma e diventa Max, rapendo Liz nel tentativo di attirare a lui e intrappolare l'agente Pierce. Spaventati per la vita di Liz, Maria e Alex chiedono l'aiuto dello Sceriffo Valenti per ritrovarla. Dopo aver seguito Nasedo ad una fiera, Max viene catturato dal misterioso agente Pierce dell'FBI, e si ritrova in una stanza bianca...

Dopo essere stato catturato dall'agente Pierce, Max è tenuto prigioniero in una stanza bianca e vuota. Pierce cerca di fargli rivelare la sua reale identità aliena interrogandolo con violenza e torturandolo. Per salvare Max, Isabel usa i suoi poteri di penetrare nei sogni delle persone per scoprire dove il ragazzo è tenuto prigioniero. Isabel, Michael e Tess vanno a salvare Max, mentre Liz resta a casa. Spaventati e preoccupati per la vita di Max, Liz, Maria e Alex decidono che è arrivato il momento di dire la verità sul conto di Max allo Sceriffo Valenti e chiedere il suo aiuto... Liz riesce a raggiungere Max nella base in cui è prigioniero e fugge con lui dall'FBI...

Lo Sceriffo Valenti è sorpreso quando testimonia l'uso dei suoi poteri da parte di Michael per salvare Max dall'agente Pierce. Valenti capisce così che Max non è il solo alieno di Roswell, e si rende conto delle reali identità di Michael, Isabel e Tess. Dopo aver catturato l'agente Pierce ed averlo ucciso, gli alieni localizzano Nasedo e lo riportano in vita. Nasedo decide di prendere il posto di Pierce in modo da proteggere gli alieni. Alla fine gli alieni decidono di usare i comunicatori e riescono ad entrare in contatto con la vera madre di Max e Isabel. La comunicazione con la loro madre aliena tuttavia risulta essere molto più importante del previsto dal momento che Max viene a conoscenza del suo destino, che purtroppo non include Liz nella sua vita: Liz si allontana da Max con enorme tristezza...